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Im Sinne des Infektionsschutzes werden dem Gesundheitsamt der Verdacht auf, die Erkrankung oder der Tod an einer nach § 6 IfSG meldepflichtigen übertragbaren Krankheit und Nachweise von nach § 7 IfSG meldepflichtigen Krankheitserregern gemeldet. In Bayern besteht darüber hinaus eine nicht-namentliche Meldepflicht für die Erkrankung oder den Tod durch Borreliose in Form eines Erythema migrans, einer akuten Neuroborreliose und einer akuten Lyme-Arthritis gemäß § 5 der Verordnung über die staatliche Gesundheitsverwaltung und den öffentlichen Gesundheitsschutz (GesV). Diese Meldungen werden dann vom Gesundheitsamt bewertet und ggf. weiter an das Bayerische Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL) und von dort bei einer bundesweiten Meldepflicht an das Robert Koch-Institut (RKI) übermittelt. Bei der bundeslandspezifischen Meldepflicht für Borreliose werden die Meldezahlen auf der Homepage des LGL veröffentlicht. Ziel ist es, übertragbaren Krankheiten beim Menschen vorzubeugen, Infektionen frühzeitig zu erkennen und ihre Weiterverbreitung zu verhindern.

Das IfSG verpflichtet z. B. Ärztinnen und Ärzte in Arztpraxen, Krankenhäusern und Laboren zu Meldungen an die Gesundheitsämter. Man unterscheidet dabei namentliche Meldungen nach § 9 IfSG und nicht-namentliche Meldungen nach § 10 IfSG.

• Namentliche Meldungen: Vor allem Ärztinnen und Ärzte sowie Labore für medizinische Diagnostik, aber auch bestimmte Einrichtungen und Unternehmen sind verpflichtet, dem lokal zuständigen Gesundheitsamt die im Gesetz aufgeführten Krankheiten und Erregernachweise bzw. entsprechende Verdachtsfälle zu melden. Die Meldungen erfolgen überwiegend elektronisch über DEMIS (Deutsches Elektronisches Melde- und Informationssystem für den Infektionsschutz). Die Meldung durch Ärztinnen / Ärzte oder Labore erfolgt namentlich, also mit Nennung der betroffenen Person sowie deren Kontaktdaten, damit das Gesundheitsamt Kontakt aufnehmen, den Sachverhalt überprüfen und ggf. Infektionsschutzmaßnahmen ergreifen kann. Die Übermittlung der Daten durch das Gesundheitsamt an das LGL als zuständige Landesbehörde sowie von dort an das RKI erfolgt ohne Weitergabe des Namens und der Kontaktdaten (pseudonymisiert).
• Nicht-namentliche Meldungen: Die in § 7 Abs. 3 IfSG genannten Erregernachweise, z. B. des AIDS-Erregers HIV, werden vom Labor nicht-namentlich (ohne Nennung der persönlichen Daten des Betroffenen) direkt an das RKI gemeldet. Das RKI stellt dafür spezielle Labormeldebögen zur Verfügung (siehe unter „Formulare“).