Johann Friedrich hatte den kleinsten Teil aus dem Erbe seines Vaters Philipp Ludwig erhalten, die drei mittelfränkischen Ämter von Pfalz Hilpoltstein, über die er ab 1615 als Erbherr verfügte. Als Ausgleich bekam er von seinem ältesten Bruder, dem Landesherrn Wolfgang Wilhelm, jährlich zusätzlich 1000 Gulden und weitere 1603 Gulden, 3 Schilling und 4 ½ Pfennige, solange das Wittum seiner Tante, Dorothea Maria, in Hilpoltstein bestand.
Am 30. März 1615 zog der Pfalzgraf mit seinem Gefolge in Hilpoltstein ein. Bei seiner Ankunft in Hilpoltstein konnte der Pfalzgraf und seine Dienerschaft im Alten Pflegamt neben der Pfarrkirche offenbar einigermaßen würdig und seinem Stand entsprechend beherbergt werden.
Bald strebte Johann Friedrich jedoch nach einem weitaus großzügigeren und komfortableren Wohnsitz und ließ ab 1618 eine neue Residenz errichten, in die das Pfleghaus als pfalzgräflicher Wohnsitz einbezogen wurde. Das neue Schloss war im Geiste der ausgehenden Spätrenaissance als vierflügelige Anlage konzipiert worden.
Im Oberen Schloss, der ehemaligen Reichsburg auf dem Burgberg, bestand seit 1606 der Witwensitz von Dorothea Maria, der Gemahlin von Pfalzgraf Ottheinrich II. Bis zu ihrem Tod im Jahr 1639 bewohnte sie mit ihrem Hofstaat das Schloss.
Noch bevor die neue Residenz am Markt in Hilpoltstein vollständig fertiggestellt war, fand 1624 in Darmstadt die Hochzeit Johann Friedrichs mit seiner um 16 Jahre jüngeren Gemahlin, Sophie Agnes, statt. Da alle Kinder frühzeitig starben und keines von ihnen den Vater überlebte, erlosch mit dem Tod Johann Friedrichs die von ihm begründete Hilpoltsteiner Linie der Wittelsbacher. Zermürbt von den militärischen Auseinandersetzungen und Religionskämpfen der Zeit des 30-jährigen Krieges sowie seiner eigenen Kinderlosigkeit starb Johann Friedrich nach längerer Krankheit am 19. Oktober 1644 in seinem Schloss in Hilpoltstein.
in Auszügen aus "Die Residenz Hilpoltstein", Band 5 Schriftenreihe Museum Schwarzes Ross, Volker Herrmann, 2012
